Wskazaniem do wykonania badania jest wodnista biegunka zwykle bez domieszki krwi, której towarzyszyć mogą wzdęcia, kurczowe bóle brzucha, gorączka, pojawiające się w trakcie lub po zakończeniu antybiotykoterapii.

Clostridium difficile to beztlenowa laseczka, występująca powszechnie w środowisku, a u człowieka w jelicie grubym. Szacuje się, że bezobjawowo skolonizowanych jest ok 60% niemowląt oraz 3% dorosłych. U osób zdrowych wzrost C. difficile hamowany jest przez drobnoustroje naturalnie występujące w jelitach. W przypadku zaburzenia równowagi flory jelitowej może dojść do nadmiernego namnażania się patogennych szczepów C. difficile, wytwarzających toksyny uszkadzające komórki ściany jelita grubego. Do zakażenia zwykle dochodzi w następstwie leczenia antybiotykami, zwłaszcza o szerokim spektrum lub cytostatykami, częściej u osób starszych, przebywających w szpitalach i domach opieki. Zakażenie może wystąpić także u osób młodszych, które wcześniej nie chorowały i nie były leczone antybiotykami (tzw. zakażenia środowiskowe).

Zakażenia wywołane przez C. difficile mogą mieć różny przebieg, od łagodnej biegunki do ciężkiej postaci zapalenia jelit, prowadzącej do perforacji (przedziurawienia) jelita.

Podstawowe znaczenie diagnostyczne ma badanie biegunkowego kału na obecność C. difficile i ich toksyn. Dostępne są następujące testy:

1. Clostridium difficile – test przesiewowy GDH (S82) – badanie polega na wykrywaniu dehydrogenazy glutaminowej, enzymu wytwarzanego w dużej ilości zarówno przez szczepy toksynotwórcze jak i nietoksyczne. Ze względu na bardzo wysoką czułość (> 90%) jest on stosowany jako badanie przesiewowe w celu szybkiego wykluczenia zakażenia (wynik w ciągu kilku godzin).  Uzyskanie wyniku dodatniego wymaga potwierdzenia toksynotwórczości szczepu, najlepiej z tej samej próbki kału.

2. Clostridium Difficile – Toksyny A i B – test pozwala potwierdzić obecność toksyny A/B (wynik otrzymujemy w ciągu kilku godzin). Wynik należy skorelować z objawami klinicznymi pacjenta. W przypadku dodatniego testu GDH a ujemnego na obecność Toksyny A/B należy wykonać posiew kału w kierunku  C. difficile (3) lub test genetyczny w kierunku Clostridium difficile (4).

3. Posiew kału beztlenowo w kierunku Clostridium difficile (91.821/831) – badanie polega na przeprowadzeniu hodowli w warunkach beztlenowych. Czas oczekiwania na wynik (2-4 dni).

4. Wykrywanie DNA Clostridium difficile metodą Real Time – PCR, jakościowo – Badanie umożliwia wykrycie materiał genetycznego (DNA) Clostridium difficile. Wykrywanie materiału genetycznego (wykrywamy toksynę B laseczki C. difficile – gen tcdB) metodą Real Time PCR umożliwia detekcję C. difficile z wyjątkowo wysokim poziomem czułości i swoistości. Metoda Real Time jest jedną z technik NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) służących amplifikacji kwasów nukleinowych i jest zalecana m. in. przez ekspertów Narodowego Programu Ochrony Antybiotyków do potwierdzania uzyskanego pozytywnego wyniku GDH. Wg powyższych zaleceń badanie to może być jedyną metodą stosowaną w laboratorium do wykrywania toksynotwórczych szczepów C. difficile. Materiałem jest kał przechowywany i transportowany w temperaturze 2-8°C.