Badanie to służy do określenia genotypu (odmiany genetycznej) wirusa HCV. Wyodrębnionych zostało sześć genotypów wirusa HCV, które oznacza się cyframi od 1 do 6. Do wykonania badania stosujemy test firmy Roche: „LINEAR ARRAY HCV Genotyping Test” posiadający certyfikat CE-IVD. W Polsce jak i w Europie u zakażonych ludzi najczęściej występuje genotyp 1, a drugim co do częstości występowania jest genotyp 3. Pozostałe genotypy są w naszym kraju rzadko wykrywane, choć mogą dominować w innych częściach świata (np. genotyp 4 jest częsty w Egipcie a genotyp 6 w Wietnamie i Hong Kongu). Standardem leczenia przewlekłych zapaleń wątroby typu C zgodnie z wytycznymi Polskiej Grupy Ekspertów HCV jest skojarzona terapia obejmująca pegylowany interferon alfa i rybawirynę. Niestety najczęściej występujący w Polsce genotyp 1 należy do odmian wirusa najbardziej opornych na leczenie i wymaga prowadzenia 48 tygodniowej lub dłuższej terapii. Natomiast u pacjentów zakażonych genotypem 3 terapię prowadzi się zazwyczaj jedynie przez 24 tygodnie. Leczenie jest uważane za skuteczne jeśli po 24 tygodniach od zakończenia terapii nie wykrywa się RNA wirusa HCV Przechowywanie i transport próbki – tak jak w przypadku jakościowego wykrywania RNA wirusa HCV.