Clostridium difficile to beztlenowa laseczka, występująca powszechnie w środowisku, a u człowieka w jelicie grubym. Szacuje się, że bezobjawowo skolonizowanych jest ok 60% niemowląt oraz 3% dorosłych. U osób zdrowych wzrost C. difficile hamowany jest przez drobnoustroje naturalnie występujące w jelitach. W przypadku zaburzenia równowagi flory jelitowej może dojść do nadmiernego namnażania się patogennych szczepów C. difficile, wytwarzających toksyny uszkadzające komórki ściany jelita grubego. Do zakażenia zwykle dochodzi w następstwie leczenia antybiotykami, zwłaszcza o szerokim spektrum lub cytostatykami, częściej u osób starszych, przebywających w szpitalach i domach opieki. Zakażenie może wystąpić także u osób młodszych, które wcześniej nie chorowały i nie były leczone antybiotykami (tzw. zakażenia środowiskowe).

Zakażenia wywołane przez C. difficile mogą mieć różny przebieg, od łagodnej biegunki do ciężkiej postaci zapalenia jelit, prowadzącej do perforacji (przedziurawienia) jelita.