Częste czynniki etiologiczne zakażeń to: H. influenzae, S. pneumoniae, Pseudomo­nas spp., S. aureus, N. gonorrhoeae, N. meningitidis. 

Zakażenia te mogą być także wywoływane przez inne pałeczki Gram‑ujemne oraz S. epidermidis, rzadko S. pyogenes (głównie orbital cellulitis).

Najczęściej posiew materiału z oka i spojówek wykonuje się na obecność flory tlenowej.

Beztlenowce, głównie Actinomyces spp., Propionibacterium spp., Fusobacterium spp. mogą powodować zakażenia gruczołów i przewodów łzowych. Zapalenie rogówki (keratitis) może być także wywoływane przez Chla­mydia, grzyby, pierwotniaki (Acanthamoeba spp.). Jeśli istnieje podejrzenie takiej etiologii zakażenia, materiał należy odpowiednio opracować. Właściwe opracowanie materiału na obecność N. gonorrhoeae, beztlenowców, Chlamydii, grzybów, wymaga odpowiedniego pobrania, a następnie umieszczenia stosownej adnotacji lekarza zlecającego badanie na skierowaniu dołączonym do materiału.

Zazwyczaj do pobierania wymazu z worka spojówkowego wykorzystuje się wymazówkę bawełnianą na cienkim druciku. W szczególnych przypadkach zaleca się użycie

ezy platynowej lub sterylnej ezy jednorazowego użytku.

Przy zmianach skąpoobjawowych umieść w worku spojówkowym jedwabne nici (ok. 1 cm), a po nasyceniu przenieś nić do jałowego pojemnika z bulionem lub płynnego podłoża transportowego (podłoża takie są dostępne w laboratorium na zamówienie).

Materiał do badania z rogówki lub spojówki gałkowej: oko należy znieczulić i jałową szpatułką zeskrobać materiał, a następnie umieścić go w podłożu transportowym i przesłać do laboratorium.

Materiał z oka/spojówek musi być pobrany przed podaniem środka znieczulającego oraz co najmniej 4 godziny od ostatniego podania do oka kropli dezynfekujących i antybiotyków.